Prawo do odliczenia podatku VAT pojawia się w okresie rozliczeniowym, w którym u sprzedawcy powstał obowiązek podatkowy. Przy zakupach krajowych towarów i usług lub przy otrzymaniu całości lub części zapłaty przed nabyciem (np. zaliczki, przedpłaty), dodatkowym warunkiem do odliczenia VAT jest posiadanie faktury dokumentującej to nabycie lub zapłatę zaliczki/przedpłaty. W związku z tym, prawo do odliczenia powstaje nie wcześniej niż w okresie, w którym faktura została otrzymana przez nabywcę.
Oznacza to, że prawo do odliczenia VAT zależy zarówno od powstania obowiązku podatkowego u sprzedawcy, jak i od momentu otrzymania faktury przez nabywcę. Samo otrzymanie faktury nie daje jeszcze prawa do odliczenia podatku.
To jest kluczowe dla nabywcy, ponieważ może on otrzymać fakturę zaliczkową, którą ureguluje dopiero po jej otrzymaniu.
Przykład: Podatnik, który rozlicza VAT miesięcznie, 24 marca otrzymał fakturę zaliczkową na zamówione towary z terminem płatności 14 dni. Podatnik zapłaci zaliczkę 4 kwietnia. W tej sytuacji nie ma on prawa do odliczenia podatku VAT w deklaracji za marzec. Odliczenia może dokonać dopiero w deklaracji za kwiecień, gdyż wtedy powstaje obowiązek podatkowy u sprzedawcy.
Zgodnie z ogólną zasadą, fakturę dokumentującą otrzymanie zaliczki/przedpłaty wystawia się do 15. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym sprzedawca ją otrzymał. Przepisy dopuszczają wystawienie faktury przed otrzymaniem zapłaty, jednak nie wcześniej niż 60 dni przed jej otrzymaniem. Stanowi o tym art. 106i ust. 7 ustawy o podatku od towarów i usług.
Podsumowując, odliczenie podatku VAT na podstawie faktury zaliczkowej wymaga ustalenia, czy faktura została opłacona i w jakim okresie. Dopóki zaliczka nie zostanie zapłacona, nabywca nie ma prawa do odliczenia podatku VAT na podstawie otrzymanej faktury zaliczkowej.